Descripción

Desde el incidente en la Isla de Sombras, la tecnología secreta de Metal Gear ha sido filtrada al mercado negro gracias a las maniobras de Revolver Ocelot. Como resultado, numerosas variaciones de los Metal Gears han surgido en todos los rincones del globo, convirtiéndose este arma en un componente cada vez más común en las fuerzas armadas de potencias nucleares.

En medio de todo esto, Solid Snake, ahora miembro del grupo ant-Metal Gear "Filantropía", ha descubierto que se ha desarrollado una nueva prototipo Metal Gear por los Marines de EE. UU. y está siendo transportado en secreto a un destino desconocido. Para obtener más información sobre esta nueva máquina, Snake debe infiltrarse en el transporte, disfrazado de tanque, mientras se dirige por el río Hudson. Sin embargo, justo cuando Snake está a punto de comenzar su misión, el barco es secuestrado por un misterioso y bien armado grupo que busca robar la nueva Metal Gear para sus propios fines malévolos.